Atelier 12
De la terre à la mer : quand l’autofluorescence devient notre alliée.
Co-animateurs : Aude Barani (MIO, Marseille), Julie Cazareth (IPMC, Sophia-Antipolis) & Cyrille Mionnet (CIML, Marseille)
Résumé : Cet atelier vise à acquérir les bonnes pratiques pour l’identification des auto-fluorescences (AFs) présentes dans les échantillons en cytométrie spectrale.
Dans les expériences d’immuno-phénotypage, l’identification des AFs est une étape préliminaire indispensable à la conception et/ou l’amélioration des panels. De plus l’identification des AF et leur utilisation comme paramètres « couleurs » lors de l’étape de unmixing est cruciale à la qualité des datas générées.
Dans le contexte d’analyse d’échantillons marins, l’identification des micro-organismes (phytoplancton, bactéries hétérotrophes, virus…) il n’existe pas d’anticorps spécifiques permettant d’identifier / caractériser les populations. On ne sait souvent pas ce qu’il y a dans l’échantillon. Il est donc nécessaire d’utiliser une « autre cytométrie en flux » est basée sur les caractéristiques de dispersion des photons, sur l’auto-fluorescence de ces populations, combinée parfois avec quelques colorants capables de résister aux conditions de vie de ces organismes.
Nombre de participants : 8 maximum.
Public : Ouvert à tout public (chercheurs / étudiants / techniciens / ingénieurs…).
Prérequis : Avoir des connaissances théoriques en cytométrie spectrale.
Modalités pratiques :
- Atelier en français.
- Travail en binôme sur PC.
- Analyse de données de cytométrie spectrale sur logiciel SpectroFlo.
- Données utilisées : échantillons de suspensions cellulaires d’organes murins, prélèvements d’eau de mer.
Objectifs :
- Identification des auto-fluorescence.
- Évaluation des similarités avec les autres AFs et les fluorochromes utilisés dans le panel.
- Utilisation des AFs dans les étapes de unmixing.
- Comparaison des AFs entre les échantillons.
- Utiliser les spectres de fluorescences pour identifier des populations et ou sous-populations grâce à leurs fluorescences naturelles.
- Utiliser les spectres de fluorescences valider une population dans des échantillons chargés de débris / particules non cellulaires grâce à leurs fluorescences naturelles ou après une coloration.
Lieu : Plateforme REgionale de Cytométrie pour la Microbiologie PRECYM
Mediterranean Institute of Oceanography (MIO) UM 110, OSU Institut Pytheas
Case 901 - OCEANOMED - Bât. PACIFIQUE
163 avenue de Luminy - 13009 Marseille.