Atelier 4
ImageJ pour la cytométrie en images
Mathieu Erhardt et Jérôme Mutterer
Cet atelier sera organisé par la plateforme d’Imagerie de l’Institut de Biologie Moléculaire des Plantes du CNRS. Au travers d'exemples, nous introduirons les fonctions du logiciel ImageJ intéressantes pour réaliser des mesures de cytométrie à partir d’images. Notamment fonctions permettant à partir d'une image, ou d’un ensemble d’images, de détecter et d’individualiser les cellules ou autres objets à quantifier. Nous verrons les outils disponibles pour réaliser des mesures morphométriques ou densitométriques sur les cellules ou les compartiments cellulaires détectés, comment représenter ces données, ou comment les exporter pour les analyser dans d’autres logiciels. Pour augmenter le débit de traitement, nous présenterons aussi les moyens disponibles pour appliquer une procédure d’analyse mise au point sur une image à un ensemble d’images. Des fonctions supplémentaires d’ImageJ (plugins) particulièrement adaptées aux analyses de cytométrie seront présentées.
Les participants qui le souhaitent sont invités à apporter des images qui pourront servir d’exemple pour les outils présentés.